Joe Flanigan (* 5. Januar 1967 in Los Angeles, Kalifornien; geboren als Joseph Harold Dunnigan III) ist ein amerikanischer Schauspieler.
Seine ersten Schauspielerfahrungen machte Flanigan dann in Werbespots. Sein Fernsehdebüt gab er indes 1994 in einer Hauptrolle in der mit einem Emmy nominierten NBC-Miniserie „Family Album“ der Schriftstellerin Danielle Steel.
Flanigan hatte Gastrollen in zahlreichen TV-Serien, wie zum Beispiel Profiler, First Monday und Sisters, bis ihm der Durchbruch mit der Rolle des Major/Lt. Colonel John Sheppard in Stargate Atlantis gelang. Für die Serie schrieb er auch die Drehbücher zu den Folgen Epiphany aus der zweiten und Outcast aus der vierten Staffel.
2010 spielte er die Hauptrolle des Colonel Sam Synn, im Film Ferocious Planet.
